Jmol

Jmol
Pembacaan struktur tiga dimensi dari streptavidin oleh Jmol
Pengembang	Tim pengembang Jmol
Rilis awal	2001;25 tahun lalu (2001)
Templat:Kotak info perangkat lunak/simple
Ditulis dalam	Java
Sistem operasi	Lintas platform
Platform	Sistem dengan Java dan peramban web tanpa Java
Tersedia dalam	16 bahasa
Daftar bahasa Katalan, Tionghoa, Ceko, Denmark, Belanda, Inggris, Prancis, Jerman, Hungaria, Indonesia, Italia, Korea, Portugis, Spanyol, Turki, Ukraina[1]
Jenis	Pemodelan molekul
Lisensi	LGPL 2.0
Situs web	www.jmol.org
Repositori	sourceforge.net/projects/jmol

Jmol adalah perangkat lunak komputer bagi pemodelan molekul struktur kimia dalam 3-dimensi.^[2] Jmol menampilkan representasi 3D dari molekul yang dapat digunakan sebagai alat pengajaran,^[3] atau untuk penelitian seperti, dalam kimia dan biokimia. Perangkat lunak ini ditulis dalam bahasa pemrograman Java, sehingga dapat beroperasi pada sistem operasi Windows, macOS, Linux, serta Unix, jika Java telah terpasang. Perangkat ini bersifat bebas dan bersumber-terbuka yang dirilis di bawah GNU Lesser General Public License (LGPL) versi 2.0. Terdapat aplikasi mandiri dan perangkat lunak pengembangan (SDK) yang dapat diintegrasikan ke dalam aplikasi Java lainnya, seperti Bioclipse dan Taverna.

Fitur yang populer adalah applet yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman web untuk menampilkan molekul dalam berbagai cara. Misalnya, molekul dapat ditampilkan sebagai model bola-dan-pasak, model ruang terisi, diagram pita, dan lain sebagainya.^[4] Jmol mendukung berbagaii format berkas kimia, termasuk Protein Data Bank (pdb), Crystallographic Information File (cif), MDL Molfile (mol), dan Chemical Markup Language (CML). Terdapat pula versi hanya-JavaScript (HTML5), JSmol, yang dapat digunakan pada komputer yang tidak memiliki Java.^[5]

Applet Jmol, di samping kemampuan lainnya, menyediakan alternatif bagi plug-in Chime,^[3] yang tidak lagi dikembangkan. Sementara Jmol memiliki banyak fitur yang tidak dimiliki Chime, perangkat lunak ini tidak mengklaim untuk mereproduksi semua fungsi Chime, terutama, mode Sculpt. Chime membutuhkan instalasi plug-in dan Internet Explorer 6.0 atau Firefox 2.0 pada Microsoft Windows, atau Netscape Communicator 4.8 pada Mac OS 9. Jmol membutuhkan instalasi Java dan beroperasi pada berbagai platform. Misalnya, Jmol berfungsi penuh di Mozilla Firefox, Internet Explorer, Opera, Google Chrome, dan Safari.

Tangkapan layar

• 
  Struktur kristal dari kotak H/ACA RNP dari Pyrococcus furiosus.
• 
  Menyorot dua jembatan garam pada tetramer hemoglobin (gugus hemo sebagai pasak di kanan bawah).
• 
  Suatu fragmen faktor transkripsi TFIIIA membentuk tiga motif jari seng berurutan, terikat pada bentangan DNA.
• 
  Ribosom 70S Eubakteria dari Thermus thermophilus.

Lihat pula

• Ekstensi Jmol bagi MediaWiki
• Daftar sistem grafis molekul
• Grafis molekul
• Editor molekul
• Proteopedia
• PyMOL
• SAMSON

Referensi

Pranala luar

Wikimedia Commons memiliki media mengenai Jmol.

• Situs web resmi
  • Wiki dengan daftar situs web, wiki, dan moodle
• Willighagen, Egon; Howard, Miguel (Juni 2007). "Fast and Scriptable Molecular Graphics in Web Browsers without Java3D" (dalam bahasa Inggris). doi:10.1038/npre.2007.50.1.