Discovery Studio

Discovery Studio adalah rangkaian perangkat lunak untuk mensimulasikan sistem molekul kecil dan makromolekul. Perangkat lunak ini dikembangkan dan didistribusikan oleh Dassault Systèmes BIOVIA^[1] (sebelumnya bernama Accelrys).

Rangkaian produk ini memiliki program kolaborasi akademis yang kuat,^[2] mendukung penelitian ilmiah, serta memanfaatkan sejumlah algoritma perangkat lunak yang awalnya dikembangkan dalam komunitas ilmiah, termasuk Chemistry at Harvard Macromolecular Mechanics (CHARMM),^[3] MODELLER,^[4] DelPhi,^[5] ZDOCK,^[6] DMol3,^[7]^[8], dan lain-lain.

Cakupan

Discovery Studio menyediakan aplikasi perangkat lunak yang mencakup bidang-bidang berikut:

Simulasi
- Mencakup mekanika molekuler, dinamika molekuler, dan mekanika kuantum
- Untuk simulasi berbasis mekanika molekuler: mencakup model pelarut berbasis implisit dan eksplisit serta model membran
- Juga mencakup kemampuan untuk melakukan perhitungan hibrida mekanika kuantum/mekanika molekuler (QM/MM)
Rancangan ligan
- Mencakup alat untuk enumerasi pustaka molekul dan optimasi pustaka
Pemodelan farmakofor
- Mencakup pembuatan, validasi, dan penapisan maya (skrining virtual)^[9]^[10]
Rancangan berbasis struktur
- Mencakup alat untuk penempatan dan penyempurnaan berbasis fragmen,^[11] penambatan reseptor-ligan dan penyempurnaan pose, serta desain de novo
Rancangan dan validasi makromolekul
Rekayasa makromolekul
- Alat khusus untuk penambatan protein-protein^[12]
- Alat khusus untuk rancangan^[13] dan optimasi antibodi
- Alat khusus untuk protein yang terikat pada membran, termasuk GPCR
QSAR
- Mencakup metode seperti regresi linear berganda, partial least squares, recursive partitioning, Genetic Function Approximation, dan QSAR berbasis medan 3D
ADME
Prediksi toksisitas

Lihat juga

Daftar perangkat lunak untuk pemodelan mekanika molekuler
Program komputer kimia kuantum
Pemodelan molekuler
Perangkat lunak rancangan molekuler
Pemodelan homologi protein
MDL Chime

Referensi

↑ "BIOVIA". Dassault Systèmes. Agustus 11, 2023.{{cite web}}: Pemeliharaan CS1: Tanggal diterjemahkan otomatis (link)
↑ "List of key Accelrys academic collaborators". Accelrys.com. Diarsipkan dari asli tanggal November 25, 2011.{{cite web}}: Pemeliharaan CS1: Tanggal diterjemahkan otomatis (link)
↑ Brooks, B. R.; Brooks, C. L.; Mackerell, A. D.; Nilsson, L.; Petrella, R. J.; Roux, B.; Won, Y.; Archontis, G.; Bartels, C.; Boresch, S.; Caflisch, A.; Caves, L.; Cui, Q.; Dinner, A. R.; Feig, M.; Fischer, S.; Gao, J.; Hodoscek, M.; Im, W.; Kuczera, K.; Lazaridis, T.; Ma, J.; Ovchinnikov, V.; Paci, E.; Pastor, R. W.; Post, C. B.; Pu, J. Z.; Schaefer, M.; Tidor, B.; Venable, R. M.; Woodcock, H. L.; Wu, X.; Yang, W.; York, D. M.; Karplus, M. (2009-07-30). "CHARMM: The biomolecular simulation program" (PDF). Journal of Computational Chemistry. 30 (10): 1545–1614. doi:10.1002/jcc.21287. ISSN 0192-8651. PMC 2810661. PMID 19444816.
↑ Webb, Benjamin; Sali, Andrej (2016). "Comparative Protein Structure Modeling Using MODELLER". Current Protocols in Bioinformatics. 54 (1). Supplement 15, 5.6.1-5.6.30. doi:10.1002/cpbi.3. ISSN 1934-3396. PMC 5031415. PMID 27322406.
↑ Rocchia, W.; Alexov, E.; Honig, B. (2001-07-01). "Extending the Applicability of the Nonlinear Poisson−Boltzmann Equation: Multiple Dielectric Constants and Multivalent Ions". The Journal of Physical Chemistry B. 105 (28): 6507–6514. doi:10.1021/jp010454y. ISSN 1520-6106.
↑ Chen, Rong; Li, Li; Weng, Zhiping (2003). "ZDOCK: An initial-stage protein-docking algorithm". Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 52 (1): 80–87. doi:10.1002/prot.10389. ISSN 0887-3585. PMID 12784371.
↑ Matsuzawa, Nobuyuki; Seto, Jun'etsu; Dixon, David A. (1997-12-01). "Density Functional Theory Predictions of Second-Order Hyperpolarizabilities of Metallocenes". The Journal of Physical Chemistry A. 101 (49): 9391–9398. Bibcode:1997JPCA..101.9391M. doi:10.1021/jp952465v. ISSN 1089-5639.
↑
- Delley, B. (1990-01-01). "An all-electron numerical method for solving the local density functional for polyatomic molecules" (PDF). The Journal of Chemical Physics. 92 (1). AIP Publishing: 508–517. Bibcode:1990JChPh..92..508D. doi:10.1063/1.458452. ISSN 0021-9606.
- Delley, B. (1991-06-01). "Analytic energy derivatives in the numerical local-density-functional approach" (PDF). The Journal of Chemical Physics. 94 (11). AIP Publishing: 7245–7250. Bibcode:1991JChPh..94.7245D. doi:10.1063/1.460208. ISSN 0021-9606.
- Delley, B. (2000-11-08). "From molecules to solids with the DMol3 approach" (PDF). The Journal of Chemical Physics. 113 (18). AIP Publishing: 7756–7764. doi:10.1063/1.1316015. ISSN 0021-9606.
↑ Sutter, Jon; Li, Jiabo; Maynard, Allister J.; Goupil, Anne; Luu, Tien; Nadassy, Katalin (2011). "New Features that Improve the Pharmacophore Tools from Accelrys". Current Computer-Aided Drug Design. 7 (3): 173–180. doi:10.2174/157340911796504305. PMID 21726193.
↑ Luu, Tien T. T.; Malcolm, Noj; Nadassy, Katalin (2011). "Pharmacophore Modeling Methods in Focused Library Selection – Applications in the Context of a New Classification Scheme". Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening. 14 (6): 488–499. doi:10.2174/138620711795767820. PMID 21521148.
↑ Haider, Muhammad K.; Bertrand, Hugues-Olivier; Hubbard, Roderick E. (2011-05-23). "Predicting Fragment Binding Poses Using a Combined MCSS MM-GBSA Approach". Journal of Chemical Information and Modeling. 51 (5): 1092–1105. doi:10.1021/ci100469n. ISSN 1549-9596. PMID 21528911.
↑ Corradi, Valentina; Mancini, Manuela; Santucci, Maria Alessandra; Carlomagno, Teresa; Sanfelice, Domenico; Mori, Mattia; Vignaroli, Giulia; Falchi, Federico; Manetti, Fabrizio; Radi, Marco; Botta, Maurizio (2011). "Computational techniques are valuable tools for the discovery of protein–protein interaction inhibitors: The 14-3-3σ case". Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters. 21 (22). Elsevier BV: 6867–6871. doi:10.1016/j.bmcl.2011.09.011. ISSN 0960-894X. PMID 21962576.
↑ Almagro, Juan C.; Beavers, Mary Pat; Hernandez-Guzman, Francisco; Maier, Johannes; Shaulsky, Jodi; Butenhof, Kenneth; Labute, Paul; Thorsteinson, Nels; Kelly, Kenneth; Teplyakov, Alexey; Luo, Jinquan; Sweet, Raymond; Gilliland, Gary L. (2011). "Antibody modeling assessment". Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 79 (11): 3050–3066. doi:10.1002/prot.23130. ISSN 0887-3585. PMID 21935986.