DNA lingkungan (environmental DNA, eDNA) adalah DNA yang dikumpulkan dari berbagai jenis sampel lingkungan seperti tanah, sedimen, air tawar, air asin, salju, atau udara, alih-alih disampel dari individu suatu organisme. Seiring berbagai jenis organisme berinteraksi dengan lingkungan di sekitarnya, DNAnya tertinggal dan menumpuk di sekitar mereka dari berbagai sumber.[2] eDNA semacam ini dapat diurutkan dengan omika lingkungan untuk mengungkap berbagai fakta mengenai spesies-spesies yang hadir dalam suatu ekosistem, termasuk organisme-organisme mikroskopis yang sukar dideteksi. Pendekatan ini memungkinkan inventorisasi
Pada tahun-tahun belakangan, eDNA telah digunakan sebagai alat untuk mendeteksi satwa terancam yang sukar diamati. Pada 2020, peneliti kesehatan amnusia mulai menggunakan metodologi eDNA untuk melacak pandemi COVID-19.[3]
Contoh sumber eDNA mencakup, tetapi tidak terbatas pada, feses, mukus, gamet, kulit, bangkai, dan rambut.[2][4] Sampel-sampel dapat dianalisis menggunakan metode-metode pengurutan DNA masukan-tinggi, yang dikenal sebagai metagenomika, metabarkoding, dan deteksi spesies tunggal, untuk pemonitoran dan pengukuran keanekaragaman hayati. Agar lebih mudah membedakan organisme-organisme pada suatu sampel, metabarkoding DNA digunakan, yaitu ketika sampelnya dianalisa dan dicocokan dengan pustaka-pustaka DNA sebelumnya yang sudah terkaji, seperti BLAST, untuk menentukan organisme apa saja yang hadir.[5]
Metabarkoding eDNA adalah sbeuah cara baru untuk menelaah keanekaragaman hayati, yaitu ketika sampel diambil dari lingkungan, misalnya sedimen, udara, atau air, sebelum DNA di dalam sampel tersebut diekstrak lalu diamplifikasi menggunakan primer universal atau umum pada reaksi berantai polimerase dan kemudian diurutkan menggunakan pengurutan generasi kedua untuk menghasilkan ribuan hingga jutaan bacaan. Dari data ini, kehadiran spesies dapat ditentukan, begitu juga keanekaragaman hayati secara keseluruhan. Ini adalah metode interdisipliner yang menggabungkan ekologi lapangan tradisional dengan metodologi molekuler dan alat komputasi maju.[6]
Analisis eDNA memiliki potensi besar, tidak hanya untuk memonitor spesies umum, tetapi juga untuk mendeteksi dan mengidentifikasi secara genetik spesies-spesies sintas lainnya yang dapat mempengaruhi upaya konservasi.[7] Cara ini memungkinkan biomonitoring tanpa pengumpulan langsung organisme hidup, sehingga memungkinkan studi mengenai organisme yang invasif, sukar ditemukan, atau terancam tanpa memberi tekanan antropogenik kepada organismenya. Akses kepada informasi genetik semacam ini berkontribusi besar terhadap pemahaman mengenai ukuran populasi, sebaran spesies, dan dinamika populasi untuk spesies yang kurang terdokumentasikan. Terlebih lagi, eDNA umumnya lebih murah ketimbang metode-metode pengambilan sampel tradisional.[8] Integritas sampel-sampel eDNA tergantung pada pelestarian lingkungan tempat sampel tersebut diambil.
Referensi
- ↑ Thomsen, Philip Francis; Sigsgaard, Eva E. (2019). "Environmental DNA metabarcoding of wild flowers reveals diverse communities of terrestrial arthropods". Ecology and Evolution. 9 (4): 1665–1679. Bibcode:2019EcoEv...9.1665T. doi:10.1002/ece3.4809. PMC 6392377. PMID 30847063. S2CID 71143282.
Modified text was copied from this source, which is available under a Creative Commons Attribution 4.0 International License. - 1 2 Stewart, Kathryn A. (2019-04-01). "Understanding the effects of biotic and abiotic factors on sources of aquatic environmental DNA". Biodiversity and Conservation (dalam bahasa Inggris). 28 (5): 983–1001. Bibcode:2019BiCon..28..983S. doi:10.1007/s10531-019-01709-8. hdl:11245.1/1caeb8dd-3d0b-493c-90dd-c180c9c8f21c. ISSN 1572-9710. S2CID 61811470.
- ↑ Farrell, Jessica; Duffy, David; Whitmore, Liam (21 April 2021). Hudec, Kate (ed.). "Environmental DNA – how a tool used to detect endangered wildlife ended up helping fight the COVID-19 pandemic". doi:10.64628/AAI.k6pmcngcx.
{{cite web}}: Pemeliharaan CS1: Tanggal diterjemahkan otomatis (link) - ↑ "What is eDNA?". Freshwater Habitats Trust.
- ↑ Fahner, Nicole (2016). "Large-Scale Monitoring of Plants through Environmental DNA Metabarcoding of Soil: Recovery, Resolution, and Annotation of Four DNA Markers". PLOS ONE. 11 (6): 1–16. Bibcode:2016PLoSO..1157505F. doi:10.1371/journal.pone.0157505. ISSN 1932-6203. PMC 4911152. PMID 27310720 – via Directory of Open Access Journals.
- ↑ Ruppert, Krista M.; Kline, Richard J.; Rahman, Md Saydur (2019). "Past, present, and future perspectives of environmental DNA (EDNA) metabarcoding: A systematic review in methods, monitoring, and applications of global eDNA". Global Ecology and Conservation. 17 e00547. Bibcode:2019GEcoC..1700547R. doi:10.1016/j.gecco.2019.e00547. S2CID 133855497. Modified text was copied from this source, which is available under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
- ↑ Bohmann, Kristine; Evans, Alice; Gilbert, M. Thomas P.; Carvalho, Gary R.; Creer, Simon; Knapp, Michael; Yu, Douglas W.; de Bruyn, Mark (2014-06-01). "Environmental DNA for wildlife biology and biodiversity monitoring". Trends in Ecology & Evolution. 29 (6): 358–367. Bibcode:2014TEcoE..29..358B. doi:10.1016/j.tree.2014.04.003. ISSN 1872-8383. PMID 24821515.
- ↑ Qu, Chanjuan; Stewart, Kathryn A. (2019-02-18). "Evaluating monitoring options for conservation: comparing traditional and environmental DNA tools for a critically endangered mammal". The Science of Nature (dalam bahasa Inggris). 106 (3): 9. Bibcode:2019SciNa.106....9Q. doi:10.1007/s00114-019-1605-1. hdl:11245.1/d02ea724-b763-42b2-8f97-696ef88db996. ISSN 1432-1904. PMID 30778682. S2CID 66881381.
