ELIXIR

ELIXIR Infrastruktur data ilmu hayati Eropa
Jaringan sumber daya bioinformatika dan layanan data penelitian
Gedung Selatan EMBL-EBI di Hinxton, tempat pusat koordinasi ELIXIR berada.[1][2]
Identitas dan organisasi
Nama	ELIXIR[3]
Jenis	Infrastruktur penelitian terdistribusi untuk data ilmu hayati[4]
Bidang	Bioinformatika, pengelolaan data, perangkat lunak, komputasi dan pelatihan[5]
Dasar organisasi	ELIXIR Consortium Agreement[6]
Pusat koordinasi	ELIXIR Hub, Hinxton, Britania Raya[2]
Jaringan dan kegiatan
Peluncuran	18 Desember 2013[7]
Perjanjian berlaku	12 Januari 2014[6]
Bentuk jaringan	Pusat koordinasi dan simpul nasional (Hub and Nodes)[3]
Keanggotaan	23 negara anggota, empat negara pengamat, serta EMBL (September 2026)[3][6]
Situs web	elixir-europe.org
Katalog layanan · Sumber daya data inti

ELIXIR adalah infrastruktur penelitian Eropa yang menghubungkan sumber daya data, perangkat lunak, komputasi, standar dan pelatihan untuk ilmu hayati. Jaringannya membantu peneliti menyimpan, menemukan, mengolah dan memakai kembali data biologi yang dihasilkan oleh berbagai lembaga. ELIXIR tidak berupa satu pangkalan data atau satu pusat komputasi; layanannya disediakan oleh lembaga yang bergabung dalam simpul nasional dan dikoordinasikan melalui ELIXIR Hub di Hinxton, Britania Raya.^[3][4]

ELIXIR bekerja melalui kerja sama antarnegara dan Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (EMBL). Dasar organisasinya adalah ELIXIR Consortium Agreement, yang mulai berlaku pada 12 Januari 2014. EMBL menampung pusat koordinasi dan menangani tindakan yang memerlukan kepribadian hukum; EMBL-EBI juga menyumbangkan layanan sebagai salah satu simpul ELIXIR. Dengan demikian, ELIXIR memiliki susunan hukum yang berbeda dari konsorsium infrastruktur penelitian Eropa (ERIC) yang dibentuk melalui keputusan Komisi Eropa.^[6]

Sejarah

Kemajuan teknik genomika dan cabang ilmu hayati lain menghasilkan data penelitian dalam jumlah besar, tetapi data tersebut tersebar di banyak tempat dan memakai cara pencatatan yang berlainan. ELIXIR dirancang untuk menghubungkan sumber daya bioinformatika yang sudah ada, membantu kesinambungan layanan dan membuat data lebih mudah ditemukan serta digunakan bersama. Infrastruktur ini diluncurkan pada 18 Desember 2013 setelah lima negara dan EMBL meratifikasi perjanjian konsorsiumnya.^[7][4]

Sesudah peluncuran, ELIXIR memperluas jaringan simpul dan menyusun layanan bersama. Salah satu langkahnya adalah penetapan daftar awal Core Data Resources pada 2017 untuk mengenali pangkalan data yang penting bagi komunitas ilmu hayati dan memerlukan dukungan jangka panjang. Daftar tersebut ditinjau secara berkala; penetapan sebagai sumber daya inti merupakan hasil penilaian, bukan berarti semua pangkalan data biologi di Eropa dikelola langsung oleh pusat ELIXIR.^[8][4]

Organisasi

ELIXIR memakai model Hub and Nodes. ELIXIR Hub mengoordinasikan strategi, administrasi, komunikasi, serta kerja antarsimpul. Setiap simpul nasional merupakan jaringan lembaga penelitian dan perguruan tinggi di negara anggota yang menyediakan layanan sesuai keahliannya. Keberadaan sebuah simpul tidak berarti semua data disimpan di Hinxton; sebagian besar pekerjaan teknis berlangsung di lembaga penyedia layanan.^[3][2][6]

Dewan ELIXIR mengawasi strategi dan anggaran konsorsium, sedangkan direktur dan para pemimpin simpul mengoordinasikan pelaksanaan program ilmiah. Keanggotaan mencakup negara-negara Eropa serta EMBL; beberapa negara lainnya mengikuti kegiatan sebagai pengamat. ELIXIR juga menerima pendanaan proyek dari Uni Eropa, tetapi keanggotaan konsorsium dan pendanaan proyek tersebut merupakan dua hal yang berbeda.^[6][3][9]

Layanan dan platform

ELIXIR mengelompokkan pekerjaan teknisnya ke dalam lima platform. Pembagian ini dipakai untuk mempertemukan para ahli dari berbagai simpul, menetapkan kebutuhan bersama dan mengembangkan layanan yang dapat digunakan lintas lembaga.^[5]

Sumber daya data inti

ELIXIR menilai pangkalan data calon Core Data Resources berdasarkan mutu ilmiah, komunitas pengguna, mutu layanan, tata kelola dan pendanaan, serta dampaknya. Contoh sumber daya dalam daftar tersebut adalah European Nucleotide Archive (ENA) untuk data sekuensing nukleotida, Ensembl untuk penelusuran dan anotasi genom, serta UniProt untuk informasi protein. ELIXIR juga menerbitkan daftar pangkalan data yang direkomendasikan untuk penyetoran hasil eksperimen. Daftar dan status tiap sumber daya dapat berubah setelah penilaian berikutnya.^[8][10]

Data yang dapat dipakai kembali

ELIXIR mendukung penggunaan prinsip FAIR: data dan keterangannya dibuat mudah ditemukan, dapat diakses sesuai ketentuan, dapat digabungkan dengan sumber lain dan dapat digunakan kembali. Untuk itu, jaringan ini memperhatikan metadata, pengenal data, standar dan petunjuk pengelolaan data penelitian. Keterbukaan akses tidak berarti seluruh data boleh diunduh tanpa syarat. Data genom dan kesehatan manusia yang dapat mengungkap identitas seseorang, misalnya, dapat disimpan dengan akses yang memerlukan izin. European Genome-phenome Archive (EGA) termasuk sumber daya yang menggunakan pengendalian akses semacam itu.^[4][8][12]

Pelatihan dan akses pengguna

Peneliti dapat menemukan layanan melalui katalog ELIXIR dan memakai bahan ajar melalui portal pelatihan TeSS. Portal itu menghimpun acara, kursus, video dan bahan belajar dari simpul ELIXIR maupun penyedia lain. Beberapa layanan dapat diakses langsung, sedangkan penggunaan data sensitif atau kapasitas komputasi tertentu mengikuti persyaratan masing-masing penyedia. Sejak 2022, Life Science Login menyediakan mekanisme masuk bersama bagi sejumlah layanan penelitian ilmu hayati.^[13][14][15]

Lihat pula

• Bioinformatika
• Genomika
• Proteomika
• Sains terbuka
• Komputasi awan

Referensi

Pranala luar

• Situs resmi ELIXIR
• Katalog layanan ELIXIR
• Daftar sumber daya data inti
• Portal pelatihan TeSS