Di awal klub berdir, mereka berganti nama beberapa kali, dari 'Córdoba Club de FútbolSporting Fútbol Club de Córdoba, Sociedad Deportiva Electromecánicas, Racing Fútbol Club de Córdoba, sampai Club Deportivo Córdoba setelah Perang Saudara Spanyol.
Di era 1940an, klub meraih sukses di divisi dua dan divisi tiga. Pada 1944, klub memilih warna seragam utama mereka, hijau dengan garis putih yang digunakan hingga sekarang. Pada musim 1953-54, klub berpindah markas dari Estadio America ke Estadio del Arcangel dan merger dengan klub divisi tiga, CD San Álvaro de Córdoba.
Cordoba memainkan musim pertama mereka di La Liga di musim 1971-72 dan berhasil finis di posisi kelima, posisi terbaik mereka dalam sejarah dan masuk zona Piala UEFA, namun tidak diloloskan karena masalah infrastruktur.
Pada 17 Februari 2014, Albert Ferrer ditunjuk sebagai pelatih Cordoba,[1] dan berhasil membawa tim promosi ke La Liga setelah berhasil menduduki posisi ketujuh dan berhak ikut play-off promosi, dan berhasil mengalahkan UD Las Palmas di babak final, dan berhasil kembali ke La Liga setelah 42 tahun.[2]
↑"Albert Ferrer nuevo entrenador del Córdoba C.F."[Albert Ferrer new Córdoba C.F. manager] (dalam bahasa Spanyol). Córdoba CF. 17 Februari 2014. Diarsipkan dari asli tanggal 2014-03-02. Diakses tanggal 17 Maret 2014.
